W postępowaniu przed organami Państwowej Inspekcji Sanitarnej stosuje się przepisy Kodeksu postępowania administracyjnego z dnia 14 czerwca 1960 r. (Dz. U. Nr 30, poz. 168) Tekst jednolity z dnia 9 października 2000 (Dz. U. Nr 98, poz. 1071 z późn. zmianami). Wojewódzka Stacja Sanitarno - Epidemiologiczna jest organem administracji publicznej II instancji - właściwym do rozpatrywania : 

-  odwołań od decyzji wydanych w pierwszej instancji 
- zażaleń na postanowienia wydane w pierwszej instancji. Organem pierwszej instancji są Powiatowe Stacje Sanitarno - Epidemiologiczne oraz Graniczna Stacja Sanitarno - Epidemiologiczna. 

ODWOŁANIE 

- odwołanie wnosi się w terminie 14 dni od dnia doręczenia decyzji stronie, a gdy decyzja została ogłoszona ustnie
– od dnia jej ogłoszenia stronie,- przed upływem terminu do wniesienia odwołania decyzja nie ulega wykonaniu.

ZAŻALENIE

- zażalenie wnosi się w terminie 7 dni od dnia doręczenia postanowienia stronie.- wniesienie zażalenia nie wstrzymuje wykonania postanowienia, jednakże organ administracji publicznej, który wydał postanowienie może wstrzymać jego wykonanie. Odwołanie/zażalenie wnosi się do Państwowego Wojewódzkiego Inspektora Sanitarnego za pośrednictwem organu pierwszej instancji, który wydał decyzję/postanowienie. Państwowy Wojewódzki Inspektor Sanitarny po otrzymaniu odwołania/zażalenia od decyzji/postanowienia w ciągu 30 dni rozpatruje sprawę i wydaje decyzję/postanowienie, które jest ostateczne. Od decyzji/postanowienia organu drugiej instancji przysługuje stronie wniesienie skargi do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w terminie 30 dni od daty jej doręczenia za pośrednictwem Państwowego Wojewódzkiego Inspektora Sanitarnego