Od grudnia 2003 roku Laboratoria Wojewódzkiej Stacji Sanitarno - Epidemiologicznej w Olsztynie posiadają Certyfikaty Akredytacji Polskiego Centrum Akredytacji nr AB 448 - Laboratorium Badań Epidemiologiczno - Klinicznych oraz nr AB 451 - Laboratorium Badań Środowiskowych i Żywności potwierdzające spełnienie wymagań normy PN-EN ISO/IEC 17025 oraz kompetencje techniczne w zakresie akredytowanych metod badawczych.

Od dnia 01 stycznia 2010 roku w skład WSSE wchodzi również Laboratorium w Elblągu wydzielone z GSSE, które od lipca 2005 roku posiada Certyfikat Akredytacji Polskiego Centrum Akredytacji Nr AB 618.

Do podstawowych zadań Laboratoriów należy:
1. W zakresie badań epidemiologiczno - klinicznych:

• badanie materiału klinicznego pochodzącego od ludzi w zakresie bakteriologii, parazytologii, wirusologii, metodami klasycznymi, komercyjnymi, biologii molekularnej,
• potwierdzanie i analizowanie w/w metodami wirusów i szczepów bakteryjnych pochodzących z laboratoriów mikrobiologicznych województwa warmińsko - mazurskiego oraz z zakażeń szpitalnych do celów epidemiologicznych na poziomie ośrodka referencyjnego,
• badanie czynników biologicznych w środowisku pracy,
• badanie czystości środowiska szpitalnego,
• badanie wód użytkowych w kierunku Legionella,
• wdrażanie nowych kierunków badań po analizie nowo pojawiających się zakażeń u ludzi, w szczególności w zakresie chorób występujących ogniskowo lub endemicznie w celu zwiększenia możliwości weryfikacji rozpoznań klinicznych na  potrzeby nadzoru epidemiologicznego,
• identyfikacja patogenów szczególnie niebezpiecznych: zawlekanych, będących wynikiem celowego uwolnienia czynnika zakaźnego, a także ze zdarzeń losowych,
• współpraca z innymi laboratoriami Inspekcji Sanitarnej w województwie warmińsko - mazurskim w zakresie badań bakteriologicznych i parazytologicznych (identyfikacja i potwierdzanie szczepów bakteryjnych i pasożytów),
• współpraca ze służbami i inspekcjami oraz placówkami naukowo - badawczymi w zakresie nadzoru mikrobiologicznego nad chorobami zakaźnymi i zakażeniami.

2. W zakresie badania wody, żywności, przedmiotów użytku oraz badań środowiskowych:

• badanie wody przeznaczonej do spożycia, wody butelkowanej, wody z kąpielisk i basenów pod względem fizycznym, chemicznym, mikrobiologicznym i organoleptycznym,
• udział w monitoringu jakości wody przeznaczonej do spożycia i monitoringu wody w kąpieliskach,
• badanie produktów żywnościowych, dodatków do żywności oraz materiałów i wyrobów przeznaczonych do kontaktu z żywnością pod względem fizycznym, chemicznym, mikrobiologicznym i oceny organoleptycznej,
• udział w monitoringu i urzędowej kontroli żywności,
• badanie gleby z ogródków działkowych w kierunku zawartości metali ciężkich,
• badanie parazytologiczne piasku z piaskownic ,
• pomiary poziomu dźwięku w pomieszczeniach przeznaczonych na pobyt ludzi,
• badanie zanieczyszczenia powietrza i pomiary parametrów czynników fizycznych w środowisku pracy,
• wykonywanie innych badań, w ramach możliwości technicznych Laboratoriów, wynikających z realizacji zadań Państwowej Inspekcji Sanitarnej.

3.Pobieranie próbek do badań.
4.Realizacja Polityki Jakości w Laboratoriach oraz ciągłe doskonalenie systemu zarządzania zgodnego z wymaganiami normy PN-EN ISO/IEC 17025 oraz dokumentami PCA.
5.Współpraca z komórkami organizacyjnymi Wojewódzkiej Stacji w zakresie realizacji zadań Państwowej Inspekcji Sanitarnej.

Laboratoria zatrudniają fachowy personel z wieloletnim doświadczeniem zawodowym, który podnosi swoje kwalifikacje poprzez udział w szkoleniach, zdobywanie specjalizacji zawodowych oraz kierunkowe studia podyplomowe.
Laboratoria od wielu lat współpracują z różnymi placówkami naukowo - badawczymi korzystając z ich doświadczeń i pomocy merytorycznej.
Od początku istnienia WSSE związana jest z Państwowym Zakładem Higieny w Warszawie (aktualnie Narodowym Instytutem Zdrowia Publicznego - Państwowym Zakładem Higieny) na bazie którego powstała jako Filia.
Od 1994 roku Wojewódzka Stacja Sanitarno - Epidemiologiczna w Olsztynie jest członkiem Klubu Polskich Laboratoriów Badawczych POLLAB.

W Laboratorium Badań Epidemiologiczno-Klinicznych funkcjonuje dobrze zorganizowane zaplecze pożywkarskie z pełną kontrolą wyprodukowanych pożywek w oparciu o własny bank szczepów.

Laboratorium posiada wysokospecjalistyczną aparaturę do oznaczania i szybkiej identyfikacji drobnoustrojów w płynach ustrojowych i we krwi.

Do najbardziej liczących się osiągnięć naszego Laboratorium w świecie bakteriologii było wyhodowanie  w 1984 r. enteropatogennych szczepów Escherichia coli O124, czynnika etiologicznego masowych zakażeń przewodu pokarmowego, zaklasyfikowanego po raz pierwszy w Polsce przez PZH i Referencyjny Ośrodek Shigella w Kopenhadze jako Shigella dysenteriae 3. Miało to wpływ na istotne zmiany w diagnostyce bakteriologicznej pałeczek jelitowych. 

Laboratorium wydało publikację na temat zatrucia pokarmowego wywołanego przez pałeczki Shigella flexneri 3a (Przegląd Epidemiologiczny 1/2005; 59:53-58) - drobnoustrój przez wiele lat rzadko hodowany w naszym kraju.

LBEK prowadzi pełną diagnostykę zakażeń przewodu pokarmowego - bakteriologiczną, wirusologiczną oraz oznacza obecność toksyn bakteryjnych: Clostridium difficile, Clostridium perfringens, Clostridium botulinum oraz Staphylococcus  aureus. 

Do diagnostyki wirusologicznej i serologicznej wykorzystywane są nowoczesne metody i techniki badawcze w oparciu o aparaturę III generacji, wprowadzono też diagnostykę metodami Western blot, PCR oraz Real Time PCR.

Laboratorium od wielu lat izoluje i identyfikuje wirusa grypy sezonowej. Badania wykonywane są metodami: hodowli tkankowej, immunofluorescencyjną oraz biologii molekularnej - techniką PCR.
Od listopada 2009 r. prowadzi, jako jedno z pierwszych w Polsce, diagnostykę wirusa grypy A/H1N1/ - techniką Real Time PCR. Posiada w pełni wyposażoną pracownię biologii molekularnej  z nowoczesnym aparatem do identyfikacji i genotypowania drobnoustrojów. 

Od wielu lat LBEK jest wiodącym Laboratorium w kraju w zakresie tej diagnostyki, wysoko ocenianym przez Krajowy Ośrodek ds. Grypy.
LBEK zostało wyznaczone przez GIS do wykonywania badań w kierunku niebezpiecznych patogenów ( m.in. wirusów gorączek krwotocznych) co jest dowodem uznania  kompetencji laboratorium. Laboratorium Badań Środowiskowych i Żywności w latach 2003-2009, z funduszy UE w ramach projektów Phare i Regionalnego Programu Operacyjnego Warmia i Mazury oraz z Funduszu Ochrony Środowiska, doposażone zostało w nowoczesny sprzęt analityczny umożliwiający rozszerzenie badań żywności i wody. Laboratorium otrzymało między innymi kompletne wyposażenie pozwalające na prowadzenie badań mikrobiologicznych żywności techniką PCR (polimerazowej reakcji łańcuchowej). Laboratorium w Elblągu, od lat działające w systemie zintegrowanym, uczestniczy w realizacji zadań Urzędowej Kontroli Żywności i Państwowego Monitoringu Wody. Wykonuje również badania powietrza, hałasu, oświetlenia i mikroklimatu w środowisku pracy. W 2008 roku Laboratorium uczestniczyło w wyznaczaniu wartości certyfikowanej pięciu nowych materiałów odniesienia, wykonując oznaczenia śladowych zanieczyszczeń metalami matrycy żywnościowej.

Laboratoria WSSE uczestniczą w krajowych i międzynarodowych programach badań międzylaboratoryjnych, ciągle rozszerzają zakres badań, szczególnie związanych z wykorzystaniem nowoczesnej aparatury analitycznej dostosowując metody badań do najnowszych europejskich i międzynarodowych norm metodycznych.

Wszystko to daje gwarancję pracy Laboratoriów Wojewódzkiej Stacji Sanitarno - Epidemiologicznej w Olsztynie na dobrym profesjonalnym poziomie i sprawia, że wyniki naszych badań są rzetelne, wiarygodne i użyteczne.